相较于较为单一的土层导向钻具，水平定向钻机在岩层进行导向施工时可以有多种选择，目前常用的岩层导向钻具有以下三种。
　　牙轮钻头+泥浆马达
　　这是目前定向钻在岩层施工时使用最多的导向钻具。牙轮钻头由螺杆钻具提供回转动力并由钻机动力头通过钻杆施加钻进压力从而破碎岩石地层。该工艺对主机要求不高，但对泥浆系统的压力和流量都有一定的要求，小型定向钻机通常还需要外配大功率泥浆泵才能有效使用该钻具。
　　牙轮钻头+双钻杆
　　牙轮钻头配合双钻杆（钻杆为双层结构，内外钻杆可独立旋转）钻进时，牙轮钻头破碎岩石所需要的扭矩和加压力都由钻机动力头通过钻杆提供，不需要使用泥浆马达和大排量的泥浆泵。虽然该钻具系统系统具有配套设备少、泥浆消耗少等优点，但钻机结构和施工操作都较为复杂。
　　潜孔锤+空压机
　　潜孔锤通常利用高压空气驱动进行冲击，并在钻杆带动下旋转，以回转冲击的方式破碎坚硬岩层，破碎下来的钻屑通过空气（驱动潜孔锤工作的余气）吹送出孔外，在硬岩施工中具有极高的施工效率。但该工艺通常只适用于无地下水的坚硬岩层，并且需要配套空压机以提供高压空气，施工成本较高。