平潭是福建省的第一大岛，同时也是大陆距台湾最近的岛屿。平潭博物馆的选址在规划中的新城的中心内海，博物馆建筑本身就像是一座随时要游离的岛中之岛，由一座座微微起伏的栈桥连接着大陆，连接着人工与自然，城市与文化，历史与未来。它是一件具有持久感的水中的大地景观，向人们重述着这座海岛在远古的诞生。在成为一座博物馆之前，这座岛首先成为了一处公共空间。大海、沙滩、绿洲、山坡，平缓地变幻交接，形成了似是而非的空间关系，与远山借景、呼应。建筑以混凝土混合当地沙地贝壳整体浇筑，如山峦起伏的壳体笼罩的室内空间好像远古的洞穴。