在长达68个月的攻坚克难中，南澳大桥难度最大、最关键的环节非水下施工莫属。而随着这一环节圆满完成，南澳大桥也创下了广东省桥梁建设的新纪录——成为省内首条成功实用钢管桩作为桩基础的桥梁。

　　据了解，南澳大桥5.3公里的深水区全部采用钢管桩作为桩基础，全线共打下钢管桩593根，形成海上桥墩承台120座。由于施工环境复杂、技术要求严格、建设工期紧迫，特别是南澳海域涌浪大，突风、大雾天气频繁，沉桩施工经常受阻。在最初的8个月，施工方只完成了56根钢管桩，沉桩进度受到严重影响。此外，同一个墩位的钢管桩沉桩，经常出现个别桩沉桩无法达到设计标高，最多超出20多米。为此，施工单位及时开展地质补勘和静载动载试验，依据相关结果对桩长进行全面修正，并经专家评审同意后实施。修正后，只用了3个月就全部顺利完成537根桩，创造了桥梁钢管桩沉桩的奇迹。

　　当时，为了顺利完成打桩，施工方还调集到世界上最先进的打桩船“海力801”。这艘打桩船起重能力600吨，打桩的桩长具备80米加水深，钢管桩从水平起吊到最后竖直定位可一次性完成，曾协助过杭州湾大桥和京唐大桥的施工工程。